Главная героиня картины «Дети моря» - Рука Азуми, которая учится в средней школе и занимается гандболом. Когда только-только начались летние каникулы, девушка попала в неприятную ситуацию, лишившись возможности ходить в клуб из-за того, что грубо себя повела. Ей пришлось сбежать из дома, и тогда она отправилась в Токио, где встретила загадочного мальчика по имени Уми, который был без ума от моря. На следующий день Рука приходит к своему папе Масааки, который работает в океанариуме. Там она снова наблюдает Уми, который в этот раз плавал в огромном аквариуме с рыбами. Она узнала, что парень вместе со своим братом вырос в море в стае дюгоней. После этого Уми пропадает, и главная героиня пускается на поиски, по пути сталкивается с его братом-близнецом Сорой. Этот парень более спокойный, чем младший братец, но, тем не менее, он производит не лучшее впечатление на девушку. В это время в море упал метеорит, и по миру прокатились странные явления.