События мини-сериала, основанного на реальных событиях, «Вариант «Омега»» разворачиваются в 1942 году в оккупированном немецкой армией Талине, куда прибывает немецкий контрразведчик, майор фон Шлоссер. Об этом быстро узнает советское военное руководство. Чтобы определить цель миссии майора фон Шлоссера, в столицу Эстонии прибывает советский разведчик из Москвы Сергей Скорин под именем немецкого офицера Пауля Кригера. Фон Шлоссеру быстро удается разоблачить и арестовать советского разведчика. Немецкий агент пытается завербовать Сергея Скорина, и неожиданно разведчик дает согласие и начинает работать на немецкие спецслужбы. Однако никто, включая фон Шлоссера, не знает, что Скорин ведет свою игру.