События фантастического аниме-боевика под названием «Орган геноцида» переносят зрителей в Сараево, где вовсю идет жестокая борьба с террором. Всего за один день город был полностью разрушен путем приведения в действие самодельного взрывного устройства. Ключевые мировые державы, залогом существования которых является демократический строй, превратились в государства тотального надзора. Они уничтожают все и всех, кто так или иначе может иметь хоть какое-то отношение к террористам. Мир захлебывается кровью и рушится под волной настоящего геноцида. Тотальное разрушение демократической системы осуществляется с подачи некого Джона Пола – таинственного американца, решившего получить мировое господство. На борьбу с ним отправляется секретный агент Клэвис Шепхерд, который вынужден отыскать орган геноцида и уничтожить его навсегда.