События мультипликационного сериала «Затопление Японии 2020» разворачиваются спустя несколько дней после окончания Летних Олимпийских игр в Токио. Японию начинает сотрясать серия землетрясений. Каждый день происходят толчки, и каждые новые сильнее предыдущих. Лучшие сейсмологи и ученые страны предполагают, что происходит мощнейший сдвиг литосферной плиты, и это в свою очередь может привести к тому, что весь Японский архипелаг уйдет под воды океана. Пока правительство Японии пытается договориться с другими государствами принять беженцев, заводы и объекты культурного наследия, среди простых японцев нарастает паника и апокалипсис может наступить намного раньше затопления.