Главный герой фантастического сериала «Алиса в Пограничье» - апатичный парень из Токио Рехей Арису. Арису давно за двадцать, но он живет с родителями, у него нет девушки и работы, единственное, что его интересует – компьютерные игры. Однажды закончив очередную компьютерную игру и встав с кресла, Арису вдруг понимает, что таинственным образом переместился в сюрреалистическую версию опустошенного Токио, где полностью отсутствуют люди за исключением нескольких его приятелей. Вместе с друзьями Арису вынужден принимать участие в опасных играх на выживание, ставя на карту свою жизнь. Однако главный герой не собирается так просо сдаваться, - ему удается выйти на человека, который руководит странной игрой. Во главе процесса - девушка Юдзуху Усаги, которая рассказывает Арису страшную тайну...