Главные герои мультфильма «Евангелион 3.0+1.01: Как-то раз» - Синдзи, Аска и Рей, которые выживают в мире постапокалипсиса. Несколько лет назад произошел Третий удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Однако самым страшным стало то, что планету атаковали Ангелы — загадочные существа, уничтожающие остатки человечества. Противостоять Ангелам способны только созданные с помощью биотехнологий огромные роботы серии Евангелион. В этот раз происходит Четвертый удар, который уничтожает всех Евангелионов, люди остаются без защиты на полуразрушенной планете. Синдзи, Аска и Рей находят убежище в одном из редких очагов человечества, где людям удается спокойно жить. Однако скоро произойдет Пятый удар, который окончательно уничтожит планету…