В центре сюжета мультфильма «Моя геройская академия. Фильм 3: Миссия мировых героев» - Идзуку Миндория, который служит в элитном отряде. В этот раз Герои должны решить самую сложную задачу. Представители секретной террористической группы верят в «необычную теорию судного дня сингулярности». Согласно теории, по мере того, как будущие поколения продолжают смешиваться с генами людей без суперспособностей, сила, которую они хранят, приведет к гибели человечества. Боле того: террористы уверены, что отсутствие суперспособностей - это болезнь, и поэтому они собираются уничтожить всех «больных». Злоумышленники уже установили мощные бомбы в разных странах. Идзуку Миндория отправляется на новое задание, чтобы остановить террористов.