Главный герой мультфильма «Покемон-фильм: Секреты джунглей» - подросток Коко, который живет в джунглях и воспитывается мудрым Зарудой-отшельником. Однажды Коко знакомится с мальчиком из города по имени Эш и его питомцем покемоном Пикачу. Пикачу – маленький монстр, который обладает волшебной силой. Тем временем ученые находят доказательства, что в этих джунглях есть источник воды, обладающей чудодейственным целительным эффектом. Об этом узнают представители влиятельной корпорации и решают завладеть источником, на котором можно много заработать. Вскоре в джунглях появляется техника, которая уничтожает все на своем пути. Заруда-отшельник становится лидером сопротивления богачам, которые уничтожают природу. Он объединяет всех покемонов джунглей, к которым присоединяются Коко, Эш и Пикачу. Вместе друзья покажут, на что способна настоящая дружба.