В основу сюжета детективного мини-сериала «Под знаменем небес» легла история, произошедшая в небольшом городке где-то в американской глубинке. Тихий, ничем не примечательный городишко, где на протяжении долгих лет не происходило более серьезного преступления, чем украденный подростками велосипед, всколыхнуло страшное известие. В собственном доме были найдены тела молодой женщины и маленького ребенка. То, что это не несчастный случай, стало ясно сразу – на телах были явные признаки насильственной смерти. В ходе расследования выяснилось, что убийцы – два старших брата главы семейства. Мужчины утверждали, что совершили страшное злодеяние по указанию свыше – якобы им это нашептал сам Господь Бог. Оказалось, что оба брата являлись членами группировки «Школа пророков», которая проповедует новую веру и утверждает, что избранные верующие способны говорить напрямую с Богом.