События мультфильма «Тайные приключения Тома Тамба» разворачиваются в жутком тоталитарном мире. В мрачном и грязном городе, где люди похожи на бродяг, а по стенам ползают омерзительные насекомые, по улицам ходят вооруженные агенты в шляпах и черных плащах. В воздухе этого города царит атмосфера безысходности и отчаяния, и здесь у одной семейной пары рождается уродец, самый настоящий мальчик-с-пальчик, которого родители называют Томом. Том – результат жутких экспериментов секретной генетической лаборатории, не удивительно, что однажды появляются агенты в плащах и забирают мальчика. Том Тамб попадает в секретную лабораторию, в страшный мир, где живут десятки других жертв жутких генетических опытов.