Главная героиня фильма ужасов «Логово» – военный летчик Кейт Синклар, которая вместе со своим учеником Джонатаном Хуком отправляется на очередной учебный вылет. Во время полета начинает сбоить электроника, Кейт не знает своих координат, и самолет сбивают, вероятно, по причине того, что он нарушил границы. Кейт и Джонатан катапультируются и оказываются в дремучем лесу. Там им удается найти убежище – заброшенный подземный бункер. Однако вскоре становится ясно, что там они не одни. В этом подземелье пробуждается смертоносное биологическое оружие, созданное существом, прибывшим из космоса много тысяч лет назад. Главные герои должны срочно найти выход из этого леса.