События мультсериала «Великая небесная стена» разворачиваются в страшном будущем, где мир почти разрушен. Лишь немногие люди смогли пережить мировую катастрофу, и именно на эти тяжелые времена выпало детство мальчика по имени Токио. Родной город мальчика окружен высокой стеной до самого неба, за которой таятся неизвестные опасности. А может, это остальной мир решил оградиться от города? Токио пытается выяснить это. Вместе с девочкой Мару мальчик находит лазейку и отправляется за великую небесную стену, а там обитают таинственные существа. Вот только эти существа не кажутся детям злыми. Постепенно, шаг за шагом, главный герой и его подруга узнают правду…