Главная героиня фильма «Особо опасный пассажир» – агент ФБР Мэдлин Харис, которой поручают важное и особо секретное задание. Женщина должна сопроводить опасного заключенного на допрос из Аляски на маленьком самолете. Об этой секретной миссии никто не знает, поэтому все уверены, что дело должно пройти гладко. Однако высоко в небе небольшой самолет оказывается захваченным, а делает это пилот, которого хорошо замаскировали. Вот только самолет захватили не ради освобождения опасного преступника, а наоборот, чтобы ликвидировать его, ведь на допросе он может наговорить лишнего и отправить в тюрьму серьезных людей. Впервые в своей жизни главная героиня объединяется с преступником, чтобы остановить общего врага.