События многосерийного анимэ «Темный дворецкий: Школа-интернат» разворачиваются в Англии в первой половине девятнадцатого века. Главный герой – юноша Сиэле Фантомхайва, который служит у самой королевы и выполняет поручения, в которых надо уметь проявлять жестокость. За преданность этого парня называют цепным псом королевы. В этот раз Сиэле получает особое поручение. На севере страны, в элитной школе-интернате произошло странное событие – в одну ночь пропало сразу десять учеников, среди которых близкий родственник королевы Деррик. Вместе с одним из своих помощников главный герой едет разбираться в случившемся, но в этот раз ему придется проявить себя в качестве сыщика.