В центре сюжета фильма «Отчаянные меры» – экипаж атомной субмарины «Колорадо», на борту которой ядерное оружие. В том случае, если Соединенные Штаты окажутся под угрозой, по секретному радиоканалу отдадут приказ о запуске ядерных ракет. Поступает приказ нанести удар по Пакистану. Однако дополнительно должен поступить приказ из Белого Дома, а его нет. Капитан подводной лодки Маркус Чаплин отстраняется. Старший помощник Сэм Кендал тоже отказывается запускать ракеты. «Колорадо» атакуют, субмарина идет ко дну, но экипаж спасается и находит убежище на необитаемом острове. Здесь капитан Чаплин и его команда должны решить, как действовать дальше: вернуться домой или начать новую жизнь?