События фильма «Королева костей» разворачиваются в первой половине тридцатых годов в глубинке штата Орегона. Главные герои – близнецы Лили и Сэм, которых воспитывает на ферме отец Малкольм. Мать недавно умерла, а спустя несколько месяцев дети находят в подвале старинную книгу на исландском языке. Единственное, о чем догадываются Сэм и Лили – то, что это точно магическая книга с заклинаниями. Они начинают подозревать, что отец скрывает нечто страшное. Дети уверены, что смерть матери точно связана с книгой. Главные герои продолжают разбираться и совсем скоро узнают о своей семье много неприятного.