В центре сюжета фильма «Было у отца три сына» – семья капитана торгового судна Дмитрия Алексеевича. У него трое сыновей – художник Кирилл, моряк Юрий и музыкант Герка. Все круто меняется, когда старший и средний братья влюбляются в одну девушку Светлану. Однако Юрий побеждает и берет Светлану в жены. Вот только история на этом не заканчивается, и конфликт в семье усиливается. На фоне этих событий случается другая трагедия – судно, где служит Дмитрий Алексеевич, сгорает, и парни остаются без отца. Помирит ли братьев общее горе?