События анимэ «Скарлет» разворачиваются в альтернативной реальности, где прошлое можно переписать, а будущее – забрать себе. Главная героиня – юная принцесса Скарлет, которая обладает редким даром видеть эмоциональные следы времени. После убийства ее семьи неизвестными девушка покидает дворец и отправляется в путешествие сквозь временное пространство и разломы истории, чтобы найти виновных и изменить ход событий. В этом пути она знакомится с древними хранителями памяти, механическими зверями и загадочным юношей по имени Каору, который говорит, что уже видел ее смерть. Вместе с новым другом Скарлет сталкивается со могущественной организацией, которая хочет стереть все следы прошлого, чтобы создать свое будущее. Чем ближе главная героиня подходит к истине, тем сильнее она понимает, что жажда мести и приведет ее к смерти.