События многосерийного анимэ «Призрак в доспехах: Синдром одиночки» разворачиваются во второй половине двадцать первого века, когда границы между человеком и машиной практически стерлись. Главная героиня – молодая сотрудница правоохранительных органов из Токио Мотоко Кусанаги, которая недавно стала майором элитного подразделения «Секция 9», специализирующегося на борьбе с киберпреступностью и терроризмом. С недавних пор она с сослуживцами занимается загадочным хакером, который с фантастической легкостью взламывает правительственные сервера. Эти атаки не похожи на обычные преступления, ведь хакер не требует выкуп и не продает данные, он вскрывает коррупцию и манипуляции простыми людьми со стороны власти. Чем сильнее Мотоко Кусанаги погружается в это дело, тем больше у нее появляется вопросов и сомнений.