События мультфильма "Манускрипт ниндзя". переносят зрителя в Японию. В центре внимания небольшой городок, под названием Ямасиро. Там произошла ужасная эпидемия чумы, и погибло множество невинных людей. Все просто бегут их этих мест, не оглядываясь и верят, что этот кошмар прекратится. Главной героине, девушке-ниндзя Кагэро, удается спастись по чистой случайности. На нее напали неизвестные существа, но бродячий самурай Дзюбэй помог ей выжить. Он убил одного из противников, не догадываясь, что за его смерть начнут мстить. Они оказываются в большой опасности и единственный выход, это прятаться.