Главные герои фильма «Код «Молния»» – супруги Джон и Рэй Инграм, которые пытаются начать новую жизнь после смерти сыны. Чтобы как-то пережить семейную трагедию, пара отправляется в уединенное путешествие на собственной яхте. Посреди открытого океана супруги замечают тонущее судно и подбирают единственного выжившего, дрейфующего на шлюпке. Спасенный мужчина, представившийся Хью Уорринером, рассказывает пугающую историю о том, что все его спутники скоропостижно скончались от опасной инфекции. Оставив гостя на борту под присмотром Рэй, Джон решает лично обследовать полузатопленный корабль. То, что он обнаруживает в каютах покинутого судна, повергает его в ужас, а спасенный ими мужчина оказывается смертельно опасен.